Paraty está situada numa das maiores baías do país, a baía da Ilha Grande, com 1125 km2. Costuma-se dividi-la em duas partes – a baía de Paraty e a de Angra dos Reis. A costa litorânea de Paraty é bastante recortada. Com extensão aproximada de 180 quilômetros, possui várias enseadas, penínsulas, pontas e ilhas, impedindo a circulação de correntes marítimas. A amplitude média das marés é de 2,0 metros.
Nos locais onde a serra e o mar se encontram, existe, junto a linha d’água, uma faixa de seixos -pedras que rolaram das montanhas - com formas arredondadas devido a ação das ondas. O amontoamento dessas pedras forma tocas onde moram e se escondem peixes, crustáceos e moluscos.
Por ser uma baía fechada, abrigada do mar aberto por várias ilhas e penínsulas, os passeios de barco são sempre agradáveis e seguros. Existem, apenas no município de Paraty, cinqüenta e cinco ilhas, dez lajes cujas pontas estão acima do nível d’água e dezessete lajes submersas e mais afastadas da costa.